Linus Baker è un assistente sociale impiegato al Dipartimento della Magia Minorile. Il compito che esegue con scrupolosa professionalità è assicurarsi che i bambini dotati di poteri magici, cresciuti in appositi istituti in modo da proteggere quelli "normali", siano ben accuditi. La vita di Linus è decisamente tranquilla, per non dire monotona: vive in una casetta solitaria in compagnia di una gatta schiva e dei suoi amati dischi in vinile. Tutto cambia quando, inaspettatamente, viene convocato nell'ufficio della Suprema Dirigenza. È stato scelto per un compito inconsueto e top secret: dovrà recarsi su un'isola remota, Marsyas, e stabilire se l'orfanotrofio diretto da un certo Arthur Parnassus abbia i requisiti per rimanere aperto. Appena mette piede sull'isola, Linus si rende conto che i sei bambini ospitati nella struttura sono molto diversi da tutti quelli di cui ha dovuto occuparsi in passato. Il più enigmatico tra gli abitanti di Marsyas è però Arthur Parnassus, che dietro ai modi affabili nasconde un terribile segreto.